Dados los datos de WGS o los datos de RNA-seq, ¿qué herramientas puedo utilizar para detectar fusiones de genes?
Dados los datos de WGS o los datos de RNA-seq, ¿qué herramientas puedo utilizar para detectar fusiones de genes?
La mayoría de estos usan datos RNA-seq, algunos usan datos WGS y algunos usan ambos. Están listados alfabéticamente. Agregaré a la lista cuando descubra más.
Otros programas útiles:
Chimeraviz (herramientas de visualización para fusiones de genes): https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28525538 (descargo de responsabilidad: yo creé esto)
Quimera: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4253834/
OncoFuse: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/29/20/2539.long
FuMa: http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2015/12/09/bioinformatics.btv721.abstract
1- Chimerascan + Star
2- Tophat Fusion
Dos pipelines que he usado ampliamente y recomiendo. No puedo hablar con los otros enumerados por @ L42, pero Star Fusion suena prometedor. Star es rápido.