Pregunta:
¿Es posible realizar la secuenciación de MinION sin conexión?
Iakov Davydov
2017-05-31 11:22:09 UTC
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Recuerdo vagamente que el plan original de Oxford Nanopore era proporcionar secuenciadores baratos (MinION), pero cobrar por llamadas de base. Por esa razón, la llamada base se realizó en la nube, y el plan era hacerla comercial una vez establecida la tecnología.

Por supuesto, esto limita los usos potenciales de MinION en el campo, ya que las áreas no tienen una conexión a Internet decente. Además, no todos los datos se pueden transferir legalmente a una empresa de terceros en los estudios clínicos.

Por ejemplo, para el artículo sobre el ébola, tuvieron que crear una versión especial de su software:

Oxford Nanopore Technologies puso a nuestra disposición una versión sin conexión de MinKNOW, con el 'ping' de Internet desactivado y las actualizaciones en línea desactivadas específicamente para el proyecto

Hay un par de llamadas de base de terceros disponibles en la actualidad. Soy consciente de Nanocall y DeepNano, pero como no son oficiales, puede resultarles difícil mantenerse al día con las últimas versiones de secuenciadores y celdas.

  1. ¿Es posible a partir de hoy secuenciar fuera de línea sin un arreglo especial (como el del Ébola)?
  2. Si no, ¿cuál es la política de Oxford Nanopore hacia la base de terceros? personas que llaman? ¿Los ayudarán o eventualmente los demandarán?
Dos respuestas:
#1
+8
gringer
2017-05-31 16:09:17 UTC
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Respuesta corta: sí, pero necesita obtener permiso (y software modificado) de ONT antes de hacer eso.

... pero eso no cuenta toda la historia. Esta pregunta tiene el potencial de ser muy confusa, y eso no es culpa del interrogador. El problema es que para el MinION, la secuenciación (o más específicamente, la generación de datos sin procesar en forma de un rastro de señal eléctrica) es distinta y separable de la llamada base. Muchos otros secuenciadores también tienen distintos datos en bruto y fases de llamada de bases, pero no están democratizados en la medida en que están en el MinION.

La parte de "secuenciación" de la secuenciación de MinION se lleva a cabo mediante el software ONT , a saber, MinKNOW. Como me explicaron durante PoreCampAU 2017, cuando el MinION se conecta inicialmente a un ordenador, falta el firmware necesario para llevar a cabo la secuenciación. La versión más reciente de este firmware generalmente se descarga al comienzo de una secuencia de ejecución enviando una solicitud a los servidores ONT. En el caso habitual, no puede realizar la secuenciación sin poder acceder a esos servidores, y no puede realizar la secuenciación sin que ONT lo sepa. Sin embargo, ONT reconoce que hay personas que no tendrán acceso a Internet al realizar la secuenciación (por ejemplo, secuenciar el ébola en África o secuenciación metagenómica en el medio del océano) y un correo electrónico a <[email protected]> con motivos es probable que resulte en una solución rápida de software al problema de secuenciación local.

Una vez que se adquieren las señales sin procesar, la parte de "llamada de base" de la secuenciación de MinION se puede realizar en cualquier lugar. El llamador base mantenido por la ONT es Albacore, y este obtendrá las primeras actualizaciones del modelo cada vez que se cambie la tecnología de secuenciación (lo que ocurre con frecuencia). Albacore es una basecaller local que se puede obtener de ONT navegando por las páginas de su comunidad (disponible para cualquiera que tenga un MinION); ONT cambió a permitir que las personas solo realizaran llamadas base localmente aproximadamente en abril de 2017, después de establecer que usar servidores AWS era demasiado costoso. El albacora es de código abierto y gratuito como cerveza, pero tiene un acuerdo de licencia restrictivo que limita la distribución (y modificación) del programa. Sin embargo, Albacore no es el único llamador de bases disponible. ONT proporciona una llamada base FOSS llamada nanonet. Está un poco por detrás de Albacore en tecnología, pero ONT ha dicho que todos los cambios útiles de Albacore eventualmente se propagarán a la nanorred. Hay otro llamador de base que no es de ONT que conozco y que usa una red neuronal para el llamado de base: deepnano. Existen otros llamadores de bases, cada uno de ellos a diferentes distancias de la tecnología, y espero que aparezcan más en el futuro a medida que la tecnología se estabilice y los científicos informáticos más resistentes a los cambios entren en acción.

Editar: ONT ha simplemente corrió la cortina de su software de llamada base; todos los repositorios que he visto hasta ahora (excepto Cliveome) se han publicado bajo la Licencia Pública de Mozilla (libre y de código abierto, con algunas condiciones y limitaciones). En ese repositorio de software se incluye Scrappie, que es su versión de prueba / de vanguardia de Albacore.

#2
+5
H. Gourlé
2017-05-31 12:09:10 UTC
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En resumen, sí se admite la llamada base sin conexión.

Oxford nanopore ha puesto a disposición una llamada base sin conexión oficial, llamada albacore. Si tiene una cuenta en el sitio web de la comunidad nanpore, puede descargarlo desde aquí.

En cuanto a ejecutarlo en el campo, la última vez que verifiqué la llamada base en vivo todavía requería mucho poder de cómputo, por lo que es posible que desee ejecutar el MinION en el campo, pero llame a la base una vez que regrese a su laboratorio / instalación de computación.

No tengo conocimiento de ningún plan para demandar a los llamadores de base de terceros, creo que Oxford Nanopore es bastante positivo sobre ellos :-)

Ejecutar el MinION en el campo y llamar a la base en el laboratorio anula todo (bueno, parte) del propósito: es decir, obtener resultados instantáneamente.
Es cierto en algunos casos, pero a veces desea secuenciar muestras en áreas / lugares remotos donde no sería práctico / imposible regresar a un laboratorio con muestras de ADN de buena calidad (es decir, difícil acceso al hielo seco para el transporte). El MinION permite secuenciar en el campo y luego analizar en el laboratorio. EDITAR: Además, para una secuencia de secuenciación pequeña, probablemente pueda realizar una llamada base con una buena computadora portátil (8+ cpus)


Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
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