Blast informa valores E, pero los mapeadores de lectura corta informan las cualidades del mapeo. ¿Son la misma cosa? ¿Pueden convertirse el uno al otro? Si no es así, ¿por qué blast no informa la calidad del mapeo mientras que los mapeadores de lectura corta no informan los valores E?
El valor E y las cualidades del mapeo son dos cosas muy diferentes.
El valor E es "un parámetro que describe el número de aciertos que uno puede 'esperar' ver por casualidad al buscar un base de datos de un tamaño particular ". Más detalles se pueden encontrar aquí: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=FAQ#expect
El mapeo La calidad es un intento de estimar la probabilidad de que una base determinada de una lectura determinada se asigne correctamente a un lugar particular del genoma de referencia. Los diferentes alineadores calculan las cualidades del mapeo de manera muy diferente, por lo que no hay una forma sencilla de compararlos entre los alineadores. Pero en general, la calidad del mapeo considerará cosas como: (i) la calidad de la llamada base; (ii) la estructura repetida de la referencia; (iii) el algoritmo de alineación; (iv) si la lectura tiene un par mapeado; (v) cualquier otra cosa que el autor del software de cartografía pensó que podría ayudar.
Los valores E y las cualidades de mapeo miden, por lo tanto, dos propiedades fundamentalmente diferentes con usos muy diferentes.