La canalización de llamadas GATK con más variantes incluye una recalibración del nivel de calidad base (BQSR) que requiere una lista de variantes conocidas. Recientemente, también se han realizado algunos trabajos para la recalibración de puntajes sin referencias: Lacer y atlas, que están motivados por aprovechar al máximo aDNA y conjuntos de datos de baja cobertura.
La importancia de aDNA se explica en esta conferencia, pero no me queda claro si / cómo es importante BQSR es para muestras de ADN frescas con una cobertura decente (> 15x). Especialmente cuando trabajo con organismos que no son modelo y no puedo simplemente usar las herramientas estándar.
¿Qué impacto tiene la recalibración de puntuaciones en las llamadas de variantes? ¿Existe una regla general por la cual no vale la pena el esfuerzo?