Podría usar liftOver, que no siempre es genial.
Siempre que encuentro esto (especialmente datos NGS disponibles en el SRA), a menudo obtengo los archivos sin procesar (por ejemplo, fastqs) y vuelvo a align / re-map.
En su caso (matrices) puede ser un poco difícil. Sin embargo, no es imposible, ya que recientemente tomé algunos datos antiguos de microarrays de ADN / ARN de levadura y los actualicé al genoma más nuevo. Solo requiere los datos correctos (como el ADN para la normalización) y una buena comprensión de todo el proceso.
Un último recurso / alternativa es alinear sus datos nuevos con el genoma antiguo para poder hacer comparaciones. Esto no es ideal, pero funciona en los casos en que la actualización de una fuente no es posible o requiere una GRAN cantidad de tiempo / esfuerzo. He hecho esto para algunos experimentos de mosca en los que todos los datos disponibles / anteriores se realizaron en dm3. Todos los genomas antiguos generalmente se pueden encontrar en http://archive.ensembl.org.