Pregunta:
Un nuevo artículo sugiere que el virus Corona tiene una "asombrosa similitud de inserciones únicas en la proteína de pico 2019-nCoV con el VIH-1". ¿Qué significa esto?
SurpriseDog
2020-02-01 02:37:12 UTC
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Cita :

Encontramos 4 inserciones en la glicoproteína (S) de pico que son exclusivas del 2019-nCoV y no están presentes en otros coronavirus. Es importante destacar que los residuos de aminoácidos en los 4 insertos tienen identidad o similitud con los de la gp120 del VIH-1 o la Gag del VIH-1. Curiosamente, a pesar de que las inserciones son discontinuas en la secuencia de aminoácidos primaria, el modelado 3D del 2019-nCoV sugiere que convergen para constituir el sitio de unión al receptor. El hallazgo de 4 inserciones únicas en el 2019-nCoV, todos los cuales tienen identidad / similitud con residuos de aminoácidos en proteínas estructurales clave del VIH-1, es poco probable que sea de naturaleza fortuita fuerte>.

Fuente: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1

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Sé que este es un artículo preimpreso y aún no ha sido revisado por pares, pero ¿alguien puede decirme cuáles son las implicaciones si esto es cierto? ¿Significa esto que el virus está construido artificialmente?

Tres respuestas:
#1
+11
Chris_Rands
2020-02-01 05:10:58 UTC
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ACTUALIZACIÓN: El artículo ahora ha sido retirado con la siguiente nota:

Este artículo ha sido retirado por sus autores. Tienen la intención de revisarlo en respuesta a los comentarios recibidos de la comunidad investigadora sobre su enfoque técnico y su interpretación de los resultados. Si tiene alguna pregunta, comuníquese con el autor correspondiente.


Esto es muy extraño y requerirá una investigación rigurosa, pero mi reacción inicial es de escepticismo. Considerando solo el primer inserto, la secuencia del inserto es GTNGTKR , corta en solo 7 aminoácidos. Un BLASTP simple frente a NR no encontró coincidencias perfectas con las secuencias del VIH, pero reveló una identidad del 100% en toda la longitud de la secuencia con> 50 otras secuencias de proteínas cortas, que podrían ser coincidencias falsas "fortuitas", por supuesto. Muchos de los 100 primeros éxitos son contra secuencias eucariotas, por ejemplo, uno contra Pristionchus pacificus , un tipo de gusano nematodo (ver alineación a continuación). Alguien debe hacer una revisión adecuada por pares de esta preimpresión antes de extraer conclusiones.

  >tank-1 [Pristionchus pacificus] ID de secuencia: PDM74036.1 Longitud: 2481 Rango 1: 1474 a 1480 Puntaje: 24.0 bits (49), Espera: 2477, Método :, Identidades: 7/7 (100%), Positivos: 7/7 (100%), Brechas: 0/7 (0%) Consulta 1 GTNGTKR 7 GTNGTKRSbjct 1474 GTNGTKR 1480  

ACTUALIZACIÓN 1: Las cosas van rápido. Ahora hay 10 comentarios bajo la preimpresión, todos ellos críticos con la idea de que estos insertos son significativamente similares a las secuencias del VIH-1 por la razón que describí anteriormente (es decir, secuencias cortas con muchos impactos contra organismos de todo el árbol de la vida) y puntos adicionales, como pequeñas inserciones, siendo una evolución bastante normal para los virus de ARN. También hay críticas en Twitter similares y biorxiv ha agregado el siguiente encabezado de exención de responsabilidad en su sitio web:

bioRxiv está recibiendo muchos artículos nuevos sobre el coronavirus 2019-nCoV. Un recordatorio: estos son informes preliminares que no han sido revisados ​​por pares. No deben considerarse concluyentes, guiar la práctica clínica / comportamiento relacionado con la salud, o ser reportados en los medios de comunicación como información establecida.

Nunca había visto una publicación tan rápida (y unánime) revisión por pares de la publicación antes. Por lo tanto, ya está bastante claro (solo 1 día después de la publicación) que al menos algunas afirmaciones en este estudio son completamente falsas y no hay buena evidencia que respalde la afirmación de que el 2019-nCoV haya adquirido secuencias del VIH o evidencia que sugiera el virus. está diseñado.

Gracias por esto. Sin embargo, realmente me pregunto por qué un científico respetado publicaría un artículo tan obviamente defectuoso.
Blast no es el problema aquí, dos proteínas pueden no estar relacionadas con blast pero conservan la misma función. Funcionalmente, estas proteínas tienen similitudes. El papel universal de los indeles o lo que los autores llaman "inserciones", particularmente en los antígenos de superficie viral, está muy extendido y nunca se ha resuelto. Es incorrecto decir que el artículo es "defectuoso", creo que la observación es falsa, pero tiene valor.
@SurpriseDog No conozco las motivaciones de los autores, pero el artículo ha sido retirado
#2
+7
Michael
2020-02-01 21:50:03 UTC
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Normalmente, las "inserciones" utilizadas en el manuscrito son "indeles" en alineaciones de proteínas, abreviatura de inserciones y deleciones.

Lo que creo que sucedió es que un grupo que investiga indeles en VIH env notó indeles en 2019- 2019-nCoV. Básicamente, creo que la correlación es falsa, pero no la he probado, pero el área de investigación para comprender los indels es ciertamente válida e importante.

Lo que es seguro es que los indels inducen un gran cambio estructural en un La estructura de la proteína y cualquier cálculo del estilo de energía libre de Gibbs lo identificarán.

Vacuna La proteína de pico será el candidato principal para hacer una vacuna 2019-nCov y eso es muy importante razón por la cual la secuencia fue lanzada rápidamente. Por lo tanto, es una proteína importante y los cambios estructurales que inducen los indeles significan que una vacuna contra el SARS probablemente no brindará mucha protección contra el 2019-Cov, incluso aparte de la divergencia de aminoácidos (abajo).

Diferencias 2019-nCov vs VIH En resumen, muchas. El env del VIH y particularmente el gag del VIH son muy diferentes de los coronavirus, tanto en el mecanismo de replicación del genoma, el coronavirus nunca abandona el citoplasma, los resultados clínicos, el tropismo tisular y la duración de la infección.

Similitudes fuerte > El env del VIH y el pico de glucoproteína de los coronavirus son la proteína de unión al receptor para entrar en una célula. Se denominan proteínas estructurales . Los anticuerpos pueden bloquear la entrada a una célula y estos anticuerpos se denominan "anticuerpos neutralizantes". Los anticuerpos neutralizantes son catastróficos para un virus. Otras respuestas de anticuerpos pueden ser efectivas, como la IgM, pero para eliminar una infección simplemente usando anticuerpos, necesita anticuerpos neutralizantes. Tanto el env del VIH como la proteína del pico de coronavirus están sujetos a anticuerpos neutralizantes. La mordaza del VIH no tiene nada que ver con el env del VIH, en términos de función o exposición a anticuerpos. Es por eso que la proteína de pico será la principal candidata a vacuna para una vacuna de subunidad.

Coincidencia, ley del azar Existe una gran variación de indeles en el env del VIH dentro del VIH y lo que infieren los autores es que existe una semejanza con el del SARS y el 2019-nCov. En mi opinión, esto es una coincidencia, porque están comparando un gran repertorio de variantes del VIH con un patrón de indel único en los coronavirus.

¿Por qué los indeles del coronavirus?

Esa es una muy buena pregunta. Genéricamente, los indeles en los genes del antígeno de superficie viral son comunes, mucho más comunes en otras proteínas, como las involucradas en la replicación del virus (proteínas no estructurales). La identidad de aminoácidos entre el SARS y 2019-nCov es del 80%, y en cualquier virus, como los flavivirus, la identidad del 80% significa que habrá indeles presentes en los antígenos de superficie entre los virus. La respuesta es que no es inusual en cualquier virus de ARN ver indeles con una divergencia de aminoácidos comparativamente grande.

¿Qué función podrían cumplir?

He analizado brevemente la bioinformática indel entre flavivirus (virus del Zika, virus de la fiebre amarilla, etc.), en particular, utilizando sobre (E) secuencias de proteínas, y también ocurren entre los virus africanos del Zika en la proteína E. La proteína E es el equivalente de la proteína de pico de coronavirus, la proteína de unión al receptor. Nadie les ha atribuido una función y ese es el problema con este manuscrito.

Hiptosis

  • Una teoría es que se producirá un cambio estructural en la proteína para detener unión de anticuerpos.
  • Otra teoría es que tienen diferencias funcionales, como el tropismo celular

Separar bioinformáticamente las dos teorías es extremadamente difícil sin la experimentación en laboratorio húmedo.

Explicación realmente completa, clara y precisa !! Aprendí mucho gracias;)
"Los anticuerpos neutralizantes son catastróficos para un virus". ¿Por qué, porque dirigen las células T al virus? y si el virus puede entrar en las células T destruirlas y reproducirse también, ¿qué pasa ???
Buen comun. Ningún VIH se dirige a las células T. Actualizaré la publicación cuando tenga tiempo "neutralizar" significa evitar que el virus se una al receptor celular, por lo que no puede ingresar a una célula y, por lo tanto, no puede replicarse
#3
  0
neonglow
2020-04-22 15:50:36 UTC
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SurpriseDog: sospecho que la frase "es poco probable que sea de naturaleza fortuita" es lo que le llevó a preguntar "¿Significa esto que el virus está construido artificialmente?" - ¡No!

Creo que la escritura aquí es imprecisa y confusa. No hay ninguna implicación de que estas sean inserciones generadas por humanos (no naturales / diseñadas), sino que creo que están implicando que es probable que estas mutaciones tengan implicaciones funcionales. Si existe alguna relación con el VIH es cuestionable.

Ha habido algunos señalamientos políticos y amenazas de una investigación a gran escala sobre si el virus se escapó de un laboratorio. Es difícil de decir, pero el pensamiento actual es que el SARS-Cov-2 es un aislado natural, no diseñado (consulte https://www.nature.com/articles/s41591-020-0820-9) . Probablemente fue transmitido por murciélagos.



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