¿Cuál es el estándar actual para imputar genotipos faltantes entre dos paneles de genotipificación? Tengo dos poblaciones genotipadas usando dos paneles diferentes (A & B), y me gustaría imputar todos los genotipos en la población B para esas posiciones que se usan en el panel A.
He leído los ejemplos de impute2, y creo que lo más parecido a lo que estoy buscando es este ejemplo, "Imputación con un panel de referencia sin fases".
En pocas palabras, quiero proporcionar una lista de SNP, algún archivo de variantes para la población B e información de haplotipos de 1,000 genomas y obtener genotipos imputados para cada SNP en la lista. ¿Es impute2 el estado del arte para esto?