La función clave es call_broadpeaks :

La descripción adjunta a la función dice:

Esta función intente encontrar regiones enriquecidas dentro de las cuales, las puntuaciones sean continuamente más altas que un límite dado para el nivel 1, y vincúlelas usando el espacio por encima del límite del nivel 2 con una longitud máxima de lvl2_max_gap.

scoring_function_s: símbolos de funciones para calcular la puntuación. 'p' para pscore, 'q' para qscore, 'f' para cambio de pliegue, 's' para resta. por ejemplo: ['p', 'q']

lvl1_cutoff_s: lista de cortes en regiones altamente enriquecidas, correspondientes a funciones de puntuación.

lvl2_cutoff_s: lista de cortes en regiones menos enriquecidas , correspondiente a las funciones de puntuación.

min_length: longitud de pico mínima, predeterminada 200.

lvl1_max_gap: espacio máximo para fusionar picos enriquecidos cercanos, predeterminado 50.

lvl2_max_gap : longitud máxima de las regiones de enlace, por defecto 400.

Devuelve el objeto PeakIO general para regiones altamente enriquecidas y regiones amplias con espacios en BroadPeakIO.

Para dar una explicación básica, el algoritmo (brevemente) parece ser el siguiente:

1. Se denominan dos niveles separados de picos, nivel 1 (un pval más alto, es decir, más significativo) y nivel 2 (un pval más bajo ). El nivel 1 está controlado por -p y el nivel 2 está controlado por --broad-cutoff . Cuando se llama a cada conjunto de picos, se vinculan inmediatamente mediante el parámetro de intervalo máximo para cada conjunto.

2. Luego, suponiendo que todos los picos de nivel 1 deben estar dentro de los picos de nivel 2 (esto es una suposición explícita de MACS2), el algoritmo agrupa los picos del nivel 1 dentro de los picos del nivel 2 para generar un pico amplio.

...

Esto tiene algunas implicaciones:

1. Las llamadas de picos amplios realmente provienen solo de los picos de nivel 2 (+ enlace). Las llamadas de picos de nivel 1 le permiten distinguir subpicos (para que pueda tener picos con huecos).

2. Aparte de la vinculación, las llamadas de pico amplio serían las mismas que las llamadas de pico estrecho, si llama a ambas con el mismo umbral de pval (por ejemplo, si establece --broad-cutoff 0.1 en el modo de pico amplio y -p 0.1 para el modo de pico estrecho)