Pregunta:
¿Cuál es la diferencia entre los tipos de células ENCODE Tier 1, 2 y 3?
juniper-
2017-05-25 23:21:50 UTC
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La matriz de experimentos ENCODE en UCSC enumera los diferentes tipos de células disponibles en las categorías "Nivel 1", "Nivel 2" y "Nivel 3". ¿Cuál es la diferencia entre estas clasificaciones?

¿Qué, por ejemplo, hace que GM12878 sea un tipo de celda de Nivel 1 y A549 un tipo de celda de Nivel 2?

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Debe leer la [Guía del usuario de la enciclopedia de los elementos del ADN (ENCODE)] (http://journals.plos.org/plosbiology/article?id=10.1371/journal.pbio.1001046)
Dos respuestas:
#1
+6
Devon Ryan
2017-05-25 23:44:04 UTC
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Los niveles indican la prioridad original de secuenciar y procesar las muestras. Esto es comprensible dado el número de marcas y tipos de experimentos que ENCODE intentó secuenciar. Más detalles están disponibles en el sitio web de ENCODE.

Editar : solo para expandir un poco, se suponía que las celdas de nivel uno debían procesarse primero. Luego, el nivel 2 quedó en segundo lugar. Por supuesto, el nivel 2 tenía MUCHAS celdas más, por lo que se dividió en 2 y 2.5, ya que aparentemente ya había celdas de nivel 3.

#2
+1
emilliman5
2017-05-27 01:27:47 UTC
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Desde el sitio web de Encode:

... Para ayudar en la integración y comparación de datos producidos utilizando diferentes tecnologías y plataformas, el Consorcio ENCODE ha designado tipos de células que será utilizado por todos los investigadores. Estos tipos de células comunes incluyen tanto líneas celulares como tipos de células primarias, y se están haciendo planes para explorar el uso de tejidos primarios y células madre embrionarias (ES).

Los tipos de células se seleccionaron principalmente por razones prácticas, que incluyen su amplia disponibilidad, la capacidad de cultivarlas fácilmente y su capacidad de producir una cantidad suficiente de células para su uso en todas las tecnologías que utilizan los investigadores de ENCODE. Las consideraciones secundarias fueron la diversidad en la fuente de tejido de las células, la representación del linaje de la capa germinal, la disponibilidad de los datos existentes generados utilizando el tipo de célula y la coordinación con otros proyectos en curso. También se hizo un esfuerzo para seleccionar al menos algunos tipos de células que tienen un cariotipo relativamente normal ...



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