Pregunta:
¿Cuáles son las ventajas y desventajas de usar KEGG o Reactome?
llrs
2017-05-24 12:35:31 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Como análisis de enriquecimiento, un paso habitual es inferir las vías enriquecidas en una lista de genes. Sin embargo, no puedo encontrar una discusión sobre qué base de datos es mejor. Dos de los más populares (en mi entorno particular) son Reactome y KEGG (tal vez porque hay herramientas que los usan en Bioconductor). KEGG requiere una suscripción para el acceso ftp, y para mi investigación necesitaría descargar grandes cantidades de archivos KGML. ahora me estoy inclinando por Reactome

¿Cuál es el que tiene más genes asociados a las vías? ¿Cuál está más anotado ?, ¿hay algún documento que los compare?

¿Puede reformular esto como "cuáles son las ventajas y desventajas" en lugar de "cuál es mejor"? A SE no le gusta este último para el formato QA, pero creo que el primero está bien.
Hecho @MichaelSchubert, podría cambiarlo usted mismo. Pero creo que ambos están bien si lo mejor no se publica en general (mejor para X e Y) YMMV
Esta publicación de BioStars puede ser útil, aunque tiene varios años https://www.biostars.org/p/3432/
Gracias @Chris, pero esa pregunta tiene 6.5 años y las cosas han cambiado en ese momento (incluida la tarifa por el acceso ftp a KEGG).
@Llopis sí, edité en ese detalle justo antes de que respondieras. No estoy diciendo que esto haga que su pregunta sea redundante, solo apunta hacia un enlace posiblemente útil
Debería echar un vistazo a http://www.pathwaycommons.org/ para descargar los datos de la ruta. Tal vez podrías elegir ambos (o más), en lugar de simplemente elegir uno.
@woemier Sí, en realidad estoy usando Reactome y Kegg, pero el problema es comparar si las rutas de una base de datos y la otra son equivalentes independientemente del nombre
Tres respuestas:
#1
+4
Kamil S Jaron
2017-05-25 03:59:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Una gran desventaja de KEGG es el problema de las licencias. Una gran ventaja de Reacome son varios enlaces cruzados a otras bases de datos y datos.

ad 1, Esto depende de la ruta, ambas son bases de datos primarias. A veces, otras bases de datos que, por ejemplo, combinan datos de bases de datos primarias, tienen una mejor anotación de rutas (hay un ejemplo en el artículo de revisión a continuación)

ad 3, Hay una descripción muy extensa relativamente nueva (2015) revisión sobre este tema centrada en las vías humanas: Comparación de bases de datos de vías de señalización de células humanas: evolución, inconvenientes y desafíos. Sin embargo, no pude encontrar cuál es más completo ...

#2
+4
agapow
2017-05-26 14:41:04 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Para usted, el punto principal sería si un análisis de enriquecimiento le dará una respuesta informativa . Eso es lo que mejorará una base de datos en particular. Y hay todo tipo de decisiones subjetivas que se toman en su construcción sobre qué es una vía, qué incluir, dónde trazar límites, etc., por lo que diferentes bases de datos darán diferentes respuestas y no estará claro cuál es más correcto.

Así que busque las referencias / sugerencias que la gente ha dado, seleccione un servicio y úselo y no otros. No salte por las bases de datos hasta que obtenga una respuesta que le guste, eso es solo pescar.

+1 para la última oración, es tan fácil de decir que verificaré con X una vez que uno tenga un resultado "bueno" y si ambos están de acuerdo, entonces continúe.
#3
  0
Johannes Griss
2017-06-01 12:05:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Una gran ventaja de Reactome, en mi opinión, es su visualización mediante la interfaz web.

Muchas vías (en Reactome y KEGG) consisten en genes / proteínas que se regulan hacia arriba y hacia abajo a través de la vía respectiva. Si realiza un análisis simple de sobrerrepresentación, esto no se tiene en cuenta. Por lo tanto, podría terminar viendo una vía como "sobreexpresada", aunque solo los genes regulados negativamente se observaron con mayor frecuencia.

En Reactome, puede ampliar las diferentes vías de manera muy conveniente y luego seleccionarlas inconsistencias. Realmente no he encontrado una base de datos pública y una herramienta que pueda tener en cuenta estas diferentes regulaciones. Por lo tanto, probablemente siempre necesitará una investigación manual de sus datos. En mi opinión, esto es más fácil con Reactome que con KEGG.



Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
Loading...