Pregunta:
¿Puedo modelar réplicas técnicas en DESeq2?
Konrad Rudolph
2017-05-24 14:32:27 UTC
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Normalmente usaría collapseReplicates (o colapsar aguas arriba) para manejar las réplicas técnicas.

Sin embargo, en mi diseño experimental actual de RNA-seq, las muestras se secuenciaron dos veces el uso de diferentes protocolos de preparación de bibliotecas, lo que lleva a marcadas diferencias en las estimaciones de recuento resultantes (de hecho, la elección de un protocolo diferente explica la mayor parte de la variación en los datos masivos según PCA). Por lo tanto, me gustaría modelar estas diferencias agregándolas como una covariable al modelo DESeq2.

Yo pensé que podría simplemente agregar otro factor a la fórmula de diseño, equivalente a el ejemplo "pasilla" en la viñeta DESeq2, que agrega el factor type para el tipo de biblioteca (single-end vs paired-end). Sin embargo, la viñeta pasilla establece que estas diferentes bibliotecas son en realidad réplicas biológicas independientes, no réplicas técnicas como había asumido anteriormente.

Ahora estoy preocupado de que tener réplicas técnicas en el diseño pudiera inflar artificialmente la potencia. ¿Se puede salvar el diseño?

Vale la pena señalar que también tenemos réplicas biológicas y un diseño de rango completo; es decir, cada combinación de tratamiento y preparación de la biblioteca, con réplicas biológicas.

Dos respuestas:
#1
+5
Devon Ryan
2017-05-24 15:20:26 UTC
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Hablando prácticamente, no hay forma de incluir las réplicas técnicas en ese diseño (al menos en DESeq2). Su preocupación con respecto a inflar la potencia es exactamente correcta y la única forma de combatir eso sería agregar un factor de emparejamiento como se podría hacer con estudios de casos y controles o estudios de tumores normales. Es decir, algo como:

  biblioteca de grupo Muestra de preparación 1 WT A 12 WT B 13 MUT A 24 MUT B 25 WT A 36 WT B 37 MUT A 48 MUT B 4  

Aquí, sample empareja las réplicas técnicas. Sin embargo, esto termina siendo deficiente en el rango o, al final, no es más informativo.

#2
+5
A_Skelton73
2017-05-24 16:09:19 UTC
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Si son réplicas verdaderamente técnicas, entonces no hay forma de modelarlas usando DESeq2 *, como ha mencionado con la función collapseReplicates . La recomendación general de DESeq2 / Mike Love con collapseReplicates es simplemente sumar las lecturas para obtener réplicas técnicas.

Si desea modelarlos en lugar de contraerlos, puede voom transformar sus datos y seguir un ejemplo similar a la sección 11.3 de la guía del usuario de Limma.

(Ejemplo de código de 11.3):

Diseño

  | FileName | Cy3 | Cy5 || --------- |: -----: | ----: || Archivo1 | wt1 | mu1 || File2 | wt1 | mu1 || File3 | wt2 | mu2 || File4 | wt2 | mu2 |  

Ejemplo

  > biolrep <- c (1, 1, 2, 2) > corfit <- duplicateCorrelation (MA, ndups = 1, block = biolrep) > fit <- lmFit (MA, block = biolrep, cor = corfit $ consenso) > fit <- eBayes (fit) > top =Table BH (fit ") Adjust " código> 

* Editar: Como menciona @Devon Ryan, puede diseñar un modelo emparejado en DESeq2 , pero tenga cuidado de no hacer este rango completo.

Esta respuesta me hace pensar que necesitamos soporte de diseño de tabla en este sitio web: las tablas de características / conteos / ... serán extremadamente comunes aquí.
@KonradRudolph - De acuerdo, ¡fue una pena cuando descubrí que las tablas de rebajas no eran compatibles!


Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
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