Pregunta:
Estimación de la pureza / contaminación / mezcla tumoral
S. DiLorenzo
2017-06-01 18:08:20 UTC
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¿Alguien puede recomendar una buena herramienta para estimar el contenido del tumor dado un tumor coincidente y un archivo normal para datos de secuenciación del genoma completo del ADN NGS o datos del exoma completo?

¿Es posible estimar esto sin una muestra normal también?

N.B., he editado su publicación para incluir la palabra "aditivo", que es lo que debe buscar para encontrar las herramientas relevantes.
Genial, también podría convertirlo en pureza / contaminación / mezcla entonces =). Muchos nombres con el mismo significado.
Sí, pero obtendrás resultados mucho más relevantes con "estimación de mezcla de cáncer" :)
Sugeriría cambiar "mezcla", que es común en la genética de poblaciones para el intercambio genético entre poblaciones a "mezcla celular".
Tres respuestas:
#1
+3
Matt Bashton
2017-06-03 21:18:46 UTC
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He estimado previamente la pureza del tumor con EXPANDS, un programa de heterogeneidad tumoral inferida que está diseñado para calcular el número de subpoblaciones clonales en muestras tumorales / normales emparejadas. La pureza es esencialmente el tamaño de la subpoblación más grande identificada en esa muestra; esto se analiza en las Preguntas frecuentes de los programas. Además de una secuenciación coincidente de tumor / exoma normal o genoma, también necesitará hacer coincidir el número de copia somática como un archivo seg como entrada. También existen otros programas para este tipo de análisis de heterogeneidad inferida; algunos de los cuales también pueden brindarle una medida de pureza son: Absolute, ThetA, SciClone, CHAT, PyClone y Canopy. Una lista más completa parece estar aquí.

La única otra cosa que sugeriría es tener una estimación a través de alguna medida ortogonal de la pureza para intentar al menos juzgar cómo funcionan los diferentes métodos con sus datos, e . g . es posible que tenga indicaciones de clonalidad de citogenética / FISH o trabajos de histología, o quizás FACS. Elegir muestras que se sabe que son puras / impuras a través de uno o más de estos puede ayudarlo a comprender qué tan bien se están desempeñando varios métodos.

En cuanto a la estimación sin una muestra normal, el único programa que parece La ayuda es QuantumClone, pero eso requiere más de una muestra de tumor de dicho paciente, ya sea espacial o temporalmente, para realizar el análisis.

Además, si tiene una secuenciación de ADN de baja cobertura, CNAnorm parece que podría ser útil con una sola muestra.

#2
+2
719016
2017-06-01 18:38:08 UTC
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Por lo general, las personas que llaman CNV utilizan pares de Tumor / WGS normal para estimar la pureza. También se puede hacer con pares WES (exoma) Tumor / Normal.

Existen varias herramientas, tengo algo de experiencia con la escrita por Illumina (pública en Github):

https://github.com/Illumina/canvas

Requiere realinear las cosas con bowtie2, así que no creo que pueda tomar datos existentes alineados con otros alineadores. No estoy seguro de por qué.

¿De dónde obtiene el requisito de bowtie2? Todos los ejemplos Léame usan isaac bams
Sección 5.1 de la documentación en pdf (CanvasBin): `Canvas ha sido validado usando archivos BAM creados usando los alineadores Isaac y Bowtie`. Supongo que significa que puede funcionar con otros alineadores, pero no ha sido validado.
Gracias por tu respuesta. Dado que se trata principalmente de una llamada de CNV, ¿cree que eso significa que requiere reordenamientos para estimar la cantidad de mezcla?
#3
+1
GWW
2017-06-04 18:37:19 UTC
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Celluloide emite perfiles de número de copias e información de pureza / ploidía del tumor. Hay un buen tutorial https://github.com/mathieu-lemire/celluloid_0.11_tutorial. Una cosa a tener en cuenta es que el celuloide encontrará múltiples soluciones y aprovechar sus herramientas de trazado es fundamental para determinar qué solución es la correcta. Normalmente, la primera solución es correcta, pero en ocasiones puede que no lo sea.

Otra herramienta similar es TITAN, que también puede requerir anotar a mano la solución ideal.



Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
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