Pregunta:
¿Existe algún conjunto de datos multiómicos disponible públicamente?
rraadd88
2017-05-30 17:29:00 UTC
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Estoy buscando un conjunto de datos multi-ómico que pueda incluir genómica, transcriptómica y proteómica (por ejemplo, snyderome). Necesito un conjunto de datos de este tipo para un propósito de exploración de datos introductorio. Por lo tanto, puede ser de cualquier organismo anfitrión y de cualquier método / condición experimental.

¿Hay alguna base de datos / repositorio donde pueda encontrarlo?

¿Realmente necesitas los 3 o alguno de los 2 funcionará? Para "genómica", ¿desea marcas de histonas (o metilación) o simplemente DNAseq (por ejemplo, para llamadas de variantes)?
la genómica (DNAseq) sería esencial. descansar cualquier capa (al menos dos) funcionaría.
[Edite] su pregunta y aclare lo que necesita. ¿Es necesario que todo sea de la misma célula o individuo? ¿Está buscando el conjunto de proteínas expresadas, ARN transcrito y la secuencia del genoma asociada? ¿O quizás los de una condición específica? ¿Qué es la genómica paralela?
Quería hacer una sugerencia para reformular la pregunta, pero aparentemente hice la edición. Si no dice ahora lo que quería, no dude en volver a cambiarlo ...
Tres respuestas:
#1
+10
rraadd88
2017-05-30 17:53:40 UTC
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Existe una base de datos llamada OmicsDI, donde se pueden buscar conjuntos de datos multi-ómicos.

Aquí hay un enlace de la publicación asociada (Pérez -Riverol, Yasset, et al. "Omics Discovery Index-Discovering and Linking Public Omics Datasets". BioRxiv (2016): 049205.) para obtener más detalles.

#2
+3
user2368936
2017-06-04 04:06:43 UTC
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Hay varios conjuntos de datos disponibles en GEO, aunque debe buscarlos. Por ejemplo, aquí hay tres conjuntos de datos que tienen perfiles de microarrays de expresión génica y metilación de Illumina:

#3
+2
Johannes Griss
2017-06-03 16:31:04 UTC
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Junto a OmicsDI, EBI tiene un repositorio especial para conjuntos de datos multi-ómicos: https://www.ebi.ac.uk/biosamples

Vincula los diferentes conjuntos de datos entre repositorios, es decir. PRIDE para datos basados ​​en MS / MS y ArrayExpress para datos RNASeq.



Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
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