Pregunta:
URL de descarga estables
Manuel
2017-06-01 04:40:03 UTC
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Un gran problema al que me enfrento con regularidad es que las URL para descargar datos bioinformáticos (por ejemplo, versiones de RefSeq o versiones del genoma de NCBI) desaparecen.

¿Alguien tiene alguna buena solución para esto?

¿Tiene ejemplos de URL específicas que han dejado de funcionar? Algunos proyectos se esfuerzan mucho en proporcionar enlaces permanentes.
Las versiones del genoma están versionadas, por lo que la URL puede moverse pero los datos siguen ahí.
¿Podría especificar qué plataforma o qué tipo de datos está buscando para una URL estable? Muchos sitios proporcionan un servidor ftp para grandes descargas.
Creo que esta es una buena pregunta, tal vez con modificaciones menores: los URI para bases de datos grandes rara vez desaparecen, pero los identificadores estables no siempre están marcados de manera obvia (por ejemplo, Ensembl tiene por defecto la versión "actual" en lugar de un URI estable).
La pregunta debería estar aromatizada con algunos ejemplos, pero tiene un muy buen punto.
Me refería a cosas de NCBI, por ejemplo, dbSNP donde la última versión de GRCh37 ha desaparecido y tiene que interpolarse de una tabla UCSC.
One responder:
#1
+4
Matt Bashton
2017-06-03 18:36:29 UTC
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El localizador de recursos uniforme persistente o PURL es una de esas soluciones, y están diseñados para ser un poco más robustos que los enlaces permanentes en la medida en que se supone que sobrevivirán al cambio de nombre de dominio. La comunidad de bioontología ya los usa http://purl.bioontology.org/docs/index.html



Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
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