Pregunta:
Herramientas para simular lecturas de Oxford Nanopore
Daniel Standage
2017-05-22 23:19:53 UTC
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¿Hay alguna herramienta de software de código abierto disponible para simular lecturas de Oxford Nanopore?

¿Para qué planeas simular datos? En mi opinión, dada la gran cantidad de conjuntos de datos reales disponibles públicamente, hay poca necesidad de simulación, excepto en casos de uso muy específicos.
A menudo es útil simular una variante o algún otro tipo de artefacto genómico para evaluar si una herramienta o un conjunto de herramientas pueden identificar correctamente el artefacto. Esto es mucho más fácil de hacer con datos simulados en los que conoce la respuesta exacta y es extremadamente valioso incluso si los datos simulados no son un reflejo perfecto de los datos reales.
Cuatro respuestas:
#1
+8
Leo Martins
2017-05-23 01:43:59 UTC
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Por casualidad, hoy he oído hablar de un simulador de lectura de nanoporos, NanoSim. Está publicado bajo una licencia GPL. Sin embargo, nunca lo he usado ...

#2
+8
Karel Brinda
2017-05-30 00:09:22 UTC
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Simuladores diseñados específicamente para Oxford Nanopore:

Simuladores generales de lectura larga:

Para obtener una lista exhaustiva de simuladores de lectura existentes, consulte la página 15 de mi tesis, Nuevas técnicas computacionales para mapear y clasificar datos de secuenciación de próxima generación .

#3
+6
burger
2017-05-23 04:05:06 UTC
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Además del NanoSim ya mencionado, también hay SiLiCO y ReadSim (aunque no se ha actualizado en más de 2 años , por lo que no estoy seguro de cuán relevante es en este momento considerando lo rápido que avanza la tecnología).

#4
+2
gringer
2017-05-24 08:36:04 UTC
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Los mejores simuladores de lectura de nanoporos se asociarían con los mejores llamadores de bases. Para que un llamador de bases modele eficazmente la cadena de ADN, debe tener en cuenta el modelo eléctrico subyacente esperado junto con el ruido de señal asociado (tanto en la dimensión de tiempo como en la dimensión de amplitud). En teoría, debería ser posible invertir el algoritmo y generar una señal eléctrica dada una secuencia subyacente.

Desafortunadamente, no conozco ninguna herramienta que intente simular lecturas de nanoporos a nivel eléctrico. Cualquier "simulador de lectura de nanoporos" que se concentre solo en la secuencia de bases necesitaría abarcar todos los posibles modelos de software de llamadas de bases que existen, lo cual es una tarea imposible (particularmente dada la rapidez con la que ONT actualiza sus propias llamadas de bases).



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