Pregunta:
Convertidor entre PDB o mmCIF y MMTF
marcin
2017-06-13 18:29:05 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Me gustaría probar MMTF, un nuevo formato para almacenar estructuras biomoleculares promovido por RCSB como una alternativa más compacta a mmCIF y PDB.

De Preguntas frecuentes sobre MMTF:

  • ¿Cómo convierto un archivo PDBx / mmCIF en un archivo MMTF?

    La biblioteca de BioJava contiene métodos para leer y escribir archivos PDBx / mmCIF y archivos MMTF.

¿Puedo hacer tal conversión, idealmente desde la línea de comandos, pero sin escribir mi propio programa Java ?

Cuatro respuestas:
Rosalind Was Robbed
2017-06-15 03:42:30 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Escribí un script muy rápido y sucio para manejar la conversión entre tipos de archivos usando BioJava.

https://github.com/eedlund/Utils/tree/master/BioUtils

Descargue el archivo jar aquí

Para ejecutar: java -jar BioUtils.jar $ FILE $ TYPE

donde \ $ FILE es un archivo PDB o mmCIF que le gustaría convertir y \ $ TYPE es el formato del archivo de salida [PDB, CIF, MMTF].

¿Esto tiene en cuenta los ensamblajes biológicos, o simplemente convierte, p. Ej. ¿MMTF a un PDB de la unidad asimétrica?
Marcin Magnus
2017-06-13 23:55:37 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Miraste esta https://github.com/rcsb/mmtf-python

"La implementación de Python de la API, decodificador y codificador MMTF".

pero ¿cómo usarlo para convertir entre MMTF y otra cosa?
También hay un codificador / decodificador C ++ disponible aquí: https://github.com/rcsb/mmtf-cpp
James
2019-11-27 18:46:55 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Esta secuencia de comandos de Python utiliza Biopython y funciona bien incluso en estructuras grandes. Por ejemplo:

python cif2pdb.py 4ckh-assembly-1.cif 4ckh-assembly-1.pdb

Esto genera la siguiente estructura.

A large protein structure

La pregunta era sobre la conversión a / desde MMTF. Para PDB <-> mmCIF hay demasiadas herramientas para enumerarlas todas. Por ejemplo, mantengo [gemmi] (https://github.com/project-gemmi/gemmi) que debería ser al menos un orden de magnitud [más rápido] (https://github.com/project-gemmi/ mmcif-benchmark) que BioPython y también convierte más campos (pero obviamente estoy sesgado).
@marcin Gracias por el aviso. Dado que esta es probablemente una conversión más común, abrí una nueva [pregunta] (https://bioinformatics.stackexchange.com/questions/10896/how-to-quickly-and-robustly-convert-between-mmcif-and -pdb).
jgreener
2020-03-31 16:31:49 UTC
view on stackexchange narkive permalink

Puede hacer esto con BioStructures.jl en Julia. Todas las 6 transformaciones entre PDB / mmCIF / MMTF son posibles.

Por ejemplo, PDB a MMTF: 

  usando BioStructuresstruc = read (in_filepath, PDB) writemmtf (out_filepath, struc)

mmCIF a MMTF: 

  usando BioStructuresstruc = read (in_filepath, MMCIF) writemmtf (out_filepath, struc)


ⓘ
Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 3.0 bajo la que se distribuye.
Loading...