Pregunta:
¿Cómo encontrar la forma unida de una estructura enzimática?
Loch23
2017-06-13 08:03:53 UTC
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Para mi investigación de pregrado, estoy buscando una base de datos que proporcione la forma unida de una estructura de proteína en particular. ¿Existe alguna base de datos que nos proporcione estos datos? Hasta ahora he encontrado las siguientes proteínas relacionadas con mi trabajo

  • Ascorbato peroxidasa (APX)
  • Beta-glucosidasa
  • Calcineurina b-like protein- proteína quinasa que interactúa.

He buscado en PDB y UNIPROT.

Hola Lock23, gracias por su pregunta y bienvenido a Bioinformatics Stack Exchange. Después de leer su pregunta, hice una comprobación rápida de [Biology] (https://biology.stackexchange.com/search?q=enzyme+database) y [Chemistry] (https://chemistry.stackexchange.com/search ? q = enzima + base de datos) Stack Exchanges, y me sorprendió lo poco que había sobre "bases de datos".
Para las estructuras determinadas experimentalmente, PDB es la base de datos y es poco probable que encuentre estructuras que estén disponibles públicamente pero no en la PDB. También hay software de predicción de la estructura de proteínas (servidores).
Dos respuestas:
Dan
2017-06-21 18:36:09 UTC
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¿Intentó buscar una base de datos explícita? es decir,

De lo contrario, el PDB tiene una búsqueda avanzada muy poderosa que debería permitirle hacer esto: http: //www.rcsb. org / pdb / search / advSearch.do

gringer
2017-06-13 09:45:31 UTC
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¿Conoce BRENDA? Me acaban de presentar hoy por una razón completamente diferente (mirando las familias de enzimas de carbohidratos en el proteoma de Nippostrongylus brasiliensis ), y parece ser una base de datos bastante completa. Hay al menos un enlace a la literatura allí para la cristalización complejada con ascorbato de peroxidasa de ascorbato en ese sitio. Siguiendo con el documento, veo que el complejo se ha subido a PDB.



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