¿Cuál es una buena ontología para los nombres de fármacos?

Algy Taylor

2017-11-17 17:36:10 UTC

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Tengo ...

Una base de datos con fenotipos de pacientes almacenados como términos HPO
Datos genéticos en cualquier formato que necesite

Quiero ...

Almacenar los nombres de los medicamentos de una manera que no me dificulte la vida
Si es posible, hacerlos para que podría establecer vínculos entre términos de HPO, medicamentos, cambios genéticos y resultados. Tenga en cuenta que no estoy tratando de hacer eso activamente, pero no quiero excluir la posibilidad de que ocurra en el futuro

Idealmente, como esos nombres de fármacos en algún tipo de ontología, e incluso más idealmente en una ontología que esté disponible en http://bioportal.bioontology.org

Entonces, ¿cuál es la mejor ontología de fármacos para utilizar en este caso?

Actualización

¿Qué relaciones describiría esta ontología de fármacos? ¿Similitud estructural de los compuestos? ¿Vías afectadas? ¿Cómo estarían vinculados? ¿Quiere que se vinculen todos los medicamentos que pueden causar el mismo efecto secundario, por ejemplo? ¿O todos los medicamentos que se pueden usar para la misma enfermedad? Los medicamentos por enfermedad serían los más útiles. La información que sería más útil sería algo como

Atenolol
- Atenolol 25 mg
- Atenolol 50 mg
- Atenolol 100 mg
Propanolol
- Propanolol 10 mg
- Propanolol 40 mg
- Propanolol 80 mg
- ...

En resumen, poder obtener una lista de dosis para un medicamento determinado. Sería muy útil si también pudiera recuperar un conjunto de medicamentos para una afección determinada, por lo que en el ejemplo anterior para recuperar una lista de bloqueadores beta (Atenolol, Metoprolol, Nebivolol, ...)

¿Ha mirado alguna de las diversas ontologías de fármacos enumeradas en bioportal.bioontology.org? ¿Cuáles has descartado para que no te sugieramos los mismos? ¿Qué les faltaba que necesitabas?

MDDB no parece estar estructurado como el anterior
Del mismo modo, la ontología de medicamentos
RxNorm parece ser el mejor disponible que he visto

¿Qué relaciones describiría esta ontología de drogas? ¿Similitud estructural de los compuestos? ¿Vías afectadas? ¿Cómo estarían vinculados? ¿Quiere que se vinculen todos los medicamentos que pueden causar el mismo efecto secundario, por ejemplo? ¿O todos los medicamentos que se pueden usar para la misma enfermedad? ¿Ha mirado alguna de las diversas ontologías de fármacos enumeradas en http://bioportal.bioontology.org? ¿Cuáles has descartado para que no te sugieramos los mismos? ¿Qué les faltaba que necesitas?

@terdon: agregó más información a la pregunta, con suerte que responda a sus preguntas. Disculpas por la leve vaguedad en algunas de mis respuestas, la razón es simplemente porque no lo sé, ¡para mí es * casi * solo un concurso de popularidad sobre cuál es la mejor para mí!

La cuestión es que realmente no hacemos preguntas tan amplias en la red Stack Exchange. Incluso hay una razón cercana específica para ellos ("demasiado amplia"), por lo que este no es el lugar adecuado para pedir una discusión general sobre los pros y los contras. Es posible que podamos ayudarlo con un caso * específico *, pero no con "qué es lo mejor", que es solo una cuestión de preferencia y dependerá de lo que desee hacer. Lo que es mejor para ti puede que no sea lo mejor para mí. Así que, por favor, hágalo lo más específico posible.

@terdon - cambió la redacción, ¿es mejor? :)