Sarah Carl
2017-05-18 13:05:10 UTC
¿Cuáles son las mejores herramientas para diseñar ARNg de una forma de alto rendimiento para una pantalla CRISPR, p. ej. dirigiéndose a todos los genes que codifican proteínas en un genoma? Me gustaría tener en cuenta los posibles efectos fuera del objetivo, así como permitir flexibilidad en la secuencia de PAM, para tener la posibilidad de usar PAM no canónicos.
Soy consciente de CRISPRseek, pero me temo que la ejecución de una búsqueda a escala del genoma puede ser bastante lenta.
No tengo suficiente experiencia con CRISPR para dar una respuesta útil. Sin embargo, tengo una observación. Dice que tiene miedo de que CRISPRseek * podría * ser bastante lento para una búsqueda a escala de genoma. ¿De verdad lo has intentado? Parece que este problema debería correlacionarse bien. Presumiblemente, ¿podría ejecutar un gen a la vez, ejecutando tantos en paralelo como lo permitan sus recursos?