Pregunta:
¿Hay alguna forma de importar tablas en PubMed Central a MySQL u otras bases de datos relacionales?
adjective_noun
2018-12-19 20:34:20 UTC
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Necesito utilizar estas tablas PMC de las revistas médicas con el fin de integrar los datos con un software de toma de decisiones. Sin embargo, puedo ver que se puede acceder al texto completo de un artículo de PMC aquí (que incluye la tabla de artículos), pero ¿hay alguna manera de extraer la tabla de este documento XML y exportarla a ¿una base de datos MySQL local o cualquier otra base de datos relacional?

¿Es posible conectarse a una base de datos remota? Además, ¿qué datos necesitas? ¿Todo ello? ¿Solo el papel? ¿Solo lo abstracto?
Solo necesito las tablas de los artículos publicados (principalmente para acceder a características individuales de pacientes como edad, sexo, estado civil, historial de enfermedades, etc.). Conectarse a una base de datos remota es sin duda una opción.
One responder:
Alexandre georges
2019-02-03 13:55:13 UTC
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Si puede usar R, considere usar web scraping.

Vea aquí: http://bradleyboehmke.github.io/2015/12/scraping-html-tables.html

Las tablas ya están presentes en los archivos xml que PubMed permite descargar, pero no hay forma de reestructurar esos componentes xml en las tablas. Por ejemplo, este estudio - (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5970438/) que extrae tablas de xml y las reestructura en tablas MySQL usando un algoritmo de minería de texto.


Esta pregunta y respuesta fue traducida automáticamente del idioma inglés.El contenido original está disponible en stackexchange, a quien agradecemos la licencia cc by-sa 4.0 bajo la que se distribuye.
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