holmrenser
2017-05-17 16:51:45 UTC
Tengo dos anotaciones del mismo genoma generadas con diferentes canales de anotaciones. Quiero identificar modelos genéticos superpuestos.
Una característica importante de este genoma es que hay muchos 'genes dentro de los genes', es decir, un modelo de gen en el intrón de otro modelo de gen . Por lo tanto, solo quiero contar dos modelos de genes como superpuestos cuando sus anotaciones de exón de secuencia de codificación se superponen.
Usando algo como bedtools intersect es sencillo calcular la superposición entre las anotaciones a nivel de gen .
Sin embargo: no estoy seguro de cómo seleccionar genes superpuestos cuando solo se superponen sus exones de secuencia codificante (características de CDS).
¿Por qué no extrae las coordenadas de sus regiones CDS de sus archivos bed / gff y luego se cruzan las herramientas de la cama?
Eso todavía me dejaría con las funciones de CDS superpuestas. Al final quiero conocer los _genes_. ¿Por qué no escribir tu comentario en una respuesta?