flashton
2017-06-28 10:28:40 UTC
Tengo una matriz de distancias generada por hierfstat, por lo tanto, con un enlace al archivo fasta aquí:
biblioteca (adegenet) biblioteca (hierfstat) snps < - fasta2DNAbin ('test.fa', chunkSize = 50) gi <- DNAbin2genind (snps) # definir manualmente las poblaciones para pasar a pares.fstp <- c ('Botswana', 'Botswana', 'Botswana', 'Botswana' , 'Francia', 'Francia', 'Vietnam', 'Vietnam', 'Uganda', 'Uganda', 'Uganda', 'Uganda', 'Vietnam', 'Vietnam', 'Laos', 'Laos', ' Laos ',' Vietnam ',' Vietnam ',' Vietnam ',' Vietnam ',' Vietnam ') f <- pairwise.fst (gi, p, res.type = c (' dist ',' matrix ')) as .matrix (f) que produce
1 2 3 4 51 0 0.2189008 0.225567409 0.1821518 0.2594097222 0.2189008 0 0.130736953 0.1648034 0.1910507723 0.2255674 0.130737 0 0.1669077 0.006396789480 0.182 0.166907683 0 0.2039314575 0.2594097 0.1910508 0.006396789 0.2039315 0 ¿Es seguro asumir que 1 = Botswana, 2 = Francia, 3 = Vietnam, 4 = Uganda y 5 = Laos? es decir, que las filas / columnas de la matriz de distancia siguen el orden en que cada población apareció por primera vez en p?
¿Hay alguna manera de determinar con certeza qué fila / columna en la matriz de distancia? ¿A qué población corresponde?
¡Bienvenido a Bioinformática! Puede cambiar el orden de sus columnas en la entrada y ver cómo es la salida, si las columnas en la salida siguen a las columnas en la entrada, entonces sería más seguro. Pero esto es del paquete adegenet, ¿no? ¿Podría proporcionar algunos datos de prueba para probar yo mismo? De lo contrario, puede verificar el código fuente de pairwise.fst
agregué un archivo de prueba y las bibliotecas que estaba usando :-) supongo que _podría_ ingresar al código fuente o permutar las muestras para verificar, pero parece sensato que habría una opción solo para imprimirlas de alguna manera ...